Le film reprend l'arc narratif du "Shadow Galactica", dernier chapitre de la série "Pretty Guardian Sailor Moon". Sailor Moon doit reprendre le combat lorsqu'un nouvel ennemi nommé "Shadow Galactica", une organisation qui aspire à conquérir l'univers et détruit tout sur son passage, élimine peu à peu ses amis. Pour vaincre, elle devra persévérer même lorsqu'elle se sentira envahie par la solitude. Pourra-t-elle protéger ceux qu'elle aime ? Que trouvera-t-elle au-delà du combat ? Sailor Moon continue de se battre malgré l'ampleur de la mission qu'elle s'est imposée, tandis que débute le dernier chapitre des Gardiennes Sailor.